前往调查地落在太平洋的不明飞行物的海上自卫队二尉-有恸贯文，突然遭遇到青色光芒，而在这光芒影响下其细胞产生异变而变成凶恶怪兽THEONE，之后他在防卫厅的特殊机关BCST(对生物恐怖活动研究机关)的监视下脱逃而失去踪迹，另一方面，航空自卫队F15J驾驶员-真木舜一，为了很和鲜有时间相处患有先天性绝症...

宇宙有翼骨兽格兰达出现在了宇宙空间里。Su erGUTS和戴拿奥特曼都在战斗中落了下风。千钧一发之际，TPC极密制造的战舰普罗米修斯号出现，救下了戴拿。几天后，在克利欧莫斯岛召开了普罗米修斯的说明会。Su erGUTS前去参加，见到了开发负责人如月泪博士（杉本彩饰）。普罗米修斯号是靠人类的思考数据来...